L’Enterprise è in orbita ad un pianeta sconosciuto, preparandosi a conquistarlo. In infermeria, il dottor McCoy sta preparando delle nuove droghe per gli interrogatori a base di cordrazene quando un ipospray difettoso gli esplode tra le mani iniettandogli una quantità di medicinale molto maggiore della dose tollerabile. Come impazzito, il medico si teletrasporta sul pianeta. Kirk con il fedele Spock scende a cercarlo: non vuole che il medico mandi all’aria i suoi piani di invasione ma non può permettere che altri scoprano cosa c’è sul pianeta. Qui, la squadra entra in contatto con il Guardiano, una misteriosa entità che sembra avere il controllo del tempo. Mentre il Guardiano sta mostrando al capitano e ai suoi uomini la storia della Terra, il dottor McCoy emerge dal suo nascondiglio e si getta attraverso la porta del tempo.
L’attimo dopo la squadra perde la comunicazione con la nave: intorno al pianeta sembra non esserci più nulla. Tornando indento nel tempo, McCoy deve aver alterato il flusso della storia e nulla di quello che era stato esiste più. Non c’è che una soluzione: tornare indietro nel tempo e impedire che McCoy faccia ciò che ha cambiato la storia. Spock identifica con una certa approssimazione il momento del salto e, con il capitano, si lancia all’inseguimento.
I due si ritrovano in una squallida strada di una vecchia città: rubano degli abiti, uccidono un poliziotto e tentano di rapinare un passante. Ma la miseria dilaga e i due devono accontentarsi di un pasto caldo ad una mensa per i poveri. E’ qui che conoscono Edith Keeler, una megera gretta e dispotica che sotto l’apparenza di una missionaria sfrutta la povera gente per i suoi loschi traffici. La donna è un vero aguzzino: prima incanta Kirk e Spock fornendo loro vitto e alloggio, poi li obbliga a lavorare per lei tenendoli in pugno per l’omicidio del poliziotto. Nella relativa tranquillità del suo sottoscala Spock può approfondire le sue ricerche e fa una agghiacciante scoperta. La strega risulta essere un punto chiave nell’evoluzione della storia: è destinata a guidare un movimento pacifista, in realtà una copertura per operazioni illegali, che ritarderà l’entrata in guerra degli Stati Uniti permettendo ai nazisti di completare l’atomica e di conquistare il mondo. Se invece morirà in un incidente stradale, la storia cambierà il suo corso e l’Impero non avrà modo di svilupparsi. Ormai è chiaro che McCoy interverrà nella storia uccidendo la donna ma è impossibile stabilire dove e quando. Kirk è distrutto: odia talmente Edith per tutto quello che ha dovuto subire che vorrebbe poterla uccidere con le sue mani.
Tenta di ignorare il problema ma proprio mentre sta subento l’ennesima sfuriata per il marciapiede pulito male ecco che Edith nomina McCoy: il dottore si è presentato alla sua porta in uno stato pietoso ma ora è guarito ed è ospite della missione dove lavora alacremente da alcuni giorni. Proprio in quel momento, McCoy compare sul marciapiede: è furioso e brandisce una pistola, minacciando Edith. Kirk vorrebbe aiutarlo a premere il grilletto ma un urlo di Spock gli ricorda quale sia il suo dovere. McCoy, invece, non si ferma e punta l’arma contro la donna ma Kirk, con la morte nel cuore, lo getta a terra. Lo sparo finisce nel vuoto, le urla di Edith svegliano l’intero quartiere. Il futuro e l’Impero sono salvi ma a quale prezzo?