BOZEMAN, Montana, 5 Aprile 2063. Zefram Cochrane stabilisce il primo contatto con un ambasciatore vulcaniano… e lo fredda a colpi di mitra mentre la folla abborda l’astronave.
In infermeria, il dottor Phlox e il maggiore Reed stanno provando una nuova cabina di tortura sperimentandola su un Tellarite. Il primo ufficiale Archer propone al capitano Forrest di introdursi nello spazio Tholiano per rubarne la tecnologia, cosa che darebbe loro un enorme vantaggio nella guerra contro il ribelli ma il capitano rifiuta con decisione e lo rimanda al suo posto sul ponte.
La situazione non è però così rosea: nell’intimità della sua cabina, il capitano confessa a Hoshi, la sua donna, che nella battaglia di Tau Ceti l'Impero ha perso due navi e che le cose non stanno andando bene come la propaganda vuol far credere.
Le cose non vanno bene neppure a bordo: Archer mette in atto un ammutinamento sollevando Forrest; Reed vorrebbe ucciderlo ma il primo ufficiale glielo impedisce. Sul ponte, Archer prende il comando, sostenendo di aver ricevuto l'ordine di portare la nave nello spazio Tholiano. Il comandante T'Pol manifesta dei dubbi sull'esistenza di un tale messaggio ma non si oppone: dopo che Cochrane ha fermato nel sangue la loro prima invasione, i vulcaniani sono ora schiavi degli umani.
Il capitano Archer offre comunque a T'Pol il ruolo di Primo Ufficiale scavalcando Reed, troppo ambizioso e insubordinato: l’ordine è quello di rilevare e seguire una traccia di curvatura. Nel frattempo, Mayweather diventa la guardia privata del capitano sotto l’occhio vigile del suo rottweiler Porthos. Archer tiene Forrest in ostaggio per assicurarsi la lealtà di Hoshi, la sua ex, che tenta di ucciderlo per poi rimettersi con lui quando l’aggressione fallisce. L'Enterprise riesce ad intercettare la nave Tholiana ma questa si autodistrugge. Il pilota viene però trasportato a bordo, interrogato e torturato; alla fine l’alieno cede e rivela dove si trova la nave terrestre che i Tholiani hanno catturato.
A bordo della nave c'è un po' di tensione: salta un giunto EPS e danneggia il dispositivo di occultamente che Trip sta cercando di attivare. Forrest si rifiuta di rivelare il nome della spia a bordo della nave e rischia di farsi uccidere da Archer, deridendo la sua mancanza di ambizione. Trip viene accusato di aver sabotato l'occultamento per ordine dell'ammiarglio Black e finisce nella cabina. Archer è inquieto: non crede alla colpevolezza di Trip e si pone sulle tracce di T'Pol ma è troppo tardi. La vulcaniana riesce a liberare Forrest e a riprendere il controllo del ponte, solo per scoprire che Archer ha bloccato il timone, costringendo l’Enterprise a raggiungere il punto indicato dal prigioniero.
Anche per Archer è arrivato il momento di provare la cabina ma il messaggio che è riuscito ad inviare al comando gli salva la vita: dal comando arriva l'ordine di rilasciarlo e di indagare sulla sua "intrigante proposta", quella di un universo parallelo: i Tholiani, con una esplosione, sono riusciti ad aprire un strappo tra i due universi e ad attirare una nave nel passaggio. La nave sembra provenire dal futuro dell’universo alternativo: impossessarsene vuol dire mettere le mani su una tecnologia progredita.
T'Pol è scettica: il Direttorato Scientifico non ammette i viaggi nel tempo e sostiene che siano prove create apposta ma Foster la interrompe, ordinandole di ripristinare l'occultamento: è chiaro che, da ora in poi, tutti dovranno collaborare.
L’Enterprise raggiunge la posizione indicata da Archer con l'occultamento inserito. La nave dell'universo parallelo esiste davvero: è la NCC 1764 Defiant.
Ci sono diversi segni vitali alieni, nessun umano; i sistemi principali e il supporto vitale sono disattivi. Forrest decide di inviare una squadra d'assalto comandata da Archer: l'ordine è quello di scaricare il database e far saltare la nave. Archer è interdetto: vorrebbe portare la nave al Comando ma Forrest sostiene che è troppo pericoloso. T'Pol fa parte della squadra di sbarco: gli ordini, per lei, sono che Archer non faccia più ritorno.
Mentre la squadra di sbarco compie il primo sopralluogo, sull’Enterprise il Tholiano riesce ad inviare un segnale di soccorso alle sue navi prima di essere fatto fuori dal dottore. Ma è troppo tardi: quattro navi Tholiane circondano l'Enterprise e la intrappolano nella loro letale ragnatela. Sulla Defiant, i nostri riescono a prendere il controllo della nave. L'Enterprise è sotto attacco: i campi di contenimento stanno cedendo, è impossibile espellere l'antimateria. Forrest dà l'ordine di abbandonare la nave e si sacrifica per dare all'equipaggio un po' di tempo in più. La fine è inevitabile, l'Enterprise esplode.